Унутрашња организација
Све послове Архива обавља у више одељења као што су:
- Одељење за заштиту архивске грађе и регистратурског материјала ван Архива
- Одељење за заштиту архивске грађе у Архиву ( депо)
- Одељење за сређивање и обраду архивске грађе
- Компјутерска обрада и техничка подршка
- Одељење општих послова (директор и рачуновођа)
- Служба библиотеке и рад са истраживачима
Управни одбор
- Мохамед Мохсин – председник
- Сандра Јончић – СО Пирот
- Саша Станковић – СО Бабушница
- Цветко Иванов – СО Димитровград
- Оливера Алексић – из колектива ИА Пирот
Надзорни одбор
- Стефан Геров – председник
- Миљан Станојевић – СО Пирот
- Весна Николов – СО Димитровград
- Момир Ђокић – СО Бабушница
- Саша Јеремић – из колектива ИА Пирот